北交所针对投资者的核心交易费用主要包含券商佣金、印花税、过户费与交易经手费四项，同时针对上市公司还设有上市初费、上市年费等相关费用，所有费率均有明确官方标准，部分费用存在协商优惠空间。
券商佣金是投资者交易时支付给证券公司的服务费用，是北交所费用中唯一可协商的项目，监管规定最高不超过成交金额的0.3‰，采用买卖双向收取模式。当前市场默认佣金费率普遍在万分之2.5至万分之3之间，单笔交易存在5元最低收费限制，资金量大或交易频繁的用户可与券商协商下调，部分头部券商可将费率降至万分之2左右，甚至取消单笔5元的最低收费门槛。佣金分为全佣和净佣两种模式，全佣模式已包含交易所经手费等规费，净佣模式则需额外叠加规费，投资者开户时务必确认佣金包含范围，避免隐性成本。
印花税属于国家统一征收的税费，仅在投资者卖出股票时单边收取，费率为成交金额的0.5‰，该标准自2023年8月28日起执行，由此前的1‰下调而来，无任何协商空间。过户费由中国证券登记结算公司收取，用于股票权属变更登记，按成交金额的0.01‰双向收取，费用占比极低，每10万元交易仅产生1元费用，对整体交易成本影响极小。交易经手费是北交所直接收取的费用，自2023年8月28日起按成交金额的0.125‰双边收取，该费用通常已包含在券商全佣报价内，不会单独向投资者收取。
北交所设置了上市初费与上市年费两类核心费用。上市初费按总股本规模收取，总股本2000万股（含）以下收取10万元，2000万至5000万股（含）收取15万元，5000万至1亿股（含）收取20万元，1亿股以上收取25万元。上市年费同样按总股本分级收取，2000万股（含）以下2万元，2000万至5000万股（含）3万元，5000万至1亿股（含）4万元，1亿股以上5万元。同时北交所对特定地区企业设有费用减免政策，注册地在内蒙古、广西、西藏、宁夏、新疆5个民族自治地区的上市公司，可暂免收取上市初费与上市年费。
除上述核心费用外，北交所还针对机构会员设有交易单元费，交易单元开设初费为50万元，仅在首次申请开通时收取，后续增设交易单元不再重复收取该费用。对于可转换公司债券等衍生品，北交所实行费用优惠政策，交易经手费按普通股标准减半收取，且暂免收取上市初费与上市年费，降低相关品种的交易与上市成本。投资者在计算交易成本时，需将佣金、印花税、过户费、经手费综合核算，通过选择全佣模式、协商低佣金费率等方式，有效控制北交所的整体交易成本。
